أصدر صاحب السمو الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم، نائب رئيس الدولة رئيس مجلس الوزراء، رعاه الله، بصفته حاكماً لإمارة دبي المرسوم رقم 24 لسنة 2015 بتعيين الدكتور محمد أحمد الزرعوني أميناً عاماً لمجلس المناطق الحرة في إمارة دبي.
وعين الزرعوني في عام 2000 مديراً عاماً للمنطقة الحرة بمطار دبي، ورئيساً تنفيذياً لواحة دبي للسيليكون في العام 2002، ونائباً لرئيس واحة دبي للسيليكون في العام 2005. وكان الدكتور الزرعوني قد احتل منصب مدير إدارة الشؤون الإدارية والبحوث في دائرة الطيران المدني في العام 1995.